Родился 15(27)августа 1899 года в деревне Биштяки Уфимского уезда Уфимской губернии (ныне – село Шаймуратово Кармаскалинского района Республики Башкортостан).
После смерти матери в возрасте 14 лет уехал в город, где работал матросом парохода «Урал» Бельского пароходства.
Владел английским, китайским, немецким, татарским, уйгурским и казахским языками.
С июня 1919 года – в Красной Армии. Участник Гражданской войны. Принимал участие в подавлении восстания А. С. Антонова в Тамбовской губернии. За выполнение специальных задач и проявленное при этом мужество в 1938 году награждён орденом Красного Знамени. После начала Великой Отечественной войны в 1941 году полковник М. М. Шаймуратов был назначен помощником начальника отдела Генерального штаба Красной Армии и командиром части по охране Кремля – 1-й особый кавалерийский полк. За бои под Волоколамском, на подступах к Москве, был награждён вторым орденом Красного Знамени.
За мужество и героизм в боях, за успешное выполнение важных оперативных задач 112-я Башкирская кавалерийская дивизия 14 февраля 1943 года была преобразована в 16-ю гвардейскую кавалерийскую дивизию.
Героически погиб 23 февраля 1943 года между посёлками Петровское и Юлино Ворошиловоградской области Украинской ССР при выходе полка из рейда по тылам противника. Похоронен в братской могиле в посёлке Петровское Краснолугского района Луганской области.
Шаймуратовская дивизия за годы Великой Отечественной войны прошла от Дона до Эльбы свыше 4 тысяч километров. 15 раз отмечена в приказах Верховного Главнокомандующего как отличившаяся в боях. 3860 воинов дивизии награждены орденами и медалями, 78 из них стали Героями Советского Союза и пятеро – полными кавалерами ордена Славы. Такого количества героев Великой Отечественной войны нет ни в одном соединении Красной Армии.
Указом Президента Российской Федерации от 30 марта 2020 года за мужество и героизм, проявленные в борьбе с немецко-фашистскими захватчиками в период Великой Отечественной войны 1941-1945 годов, генерал-майору Шаймуратову Мингалею Миназовичу присвоено звание Героя Российской Федерации (посмертно).
Награждён 2 орденами Красного Знамени (19.10.1938; 03.12.1941), орденом Красной Звезды (14.02.1943), медалью.
Именем Шаймуратова в Башкортостане названы улицы в городах. На Донбассе его имя носят площадь и улицы в городе Петровское, а также в пгт Чернухино. В 1964 село Биштяки Кармаскалинского района Башкортостана переименовано в село Шаймуратово.
Указом Президента Российской Федерации от 21 ноября 2012 года 29-му отряду специального назначения Внутренних войск МВД России присвоено почётное наименование «имени генерал-майора М. М. Шаймуратова».
В Республике Башкортостан Шаймуратов считается народным героем, он воспет в башкирской песне «Шаймуратов-генерал» (музыка Загира Исмагилова, слова Кадыра Даяна), ставшей народной.